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miércoles, 5 de noviembre de 2014

Nature estrena nueva política de compartir código en sus articulos

Esta semana al menos dos notables revistas del grupo Nature Publishing, la propia Nature y Nature Geosciences, han puesto sobre la mesa un aspecto recurrente últimamente en cuanto a la reproducibilidad y transparencia en ciencia. Compartir y hacer públicos los datos y análisis/código que sustentan una publicación científica, y que van íntimamente aparejada a una investigación o proyecto científico, deberían ser una práctica habitual, para la buena salud de la ciencia, en el proceso científico. El grupo Nature va a instaurar una nueva política de compartir código para todas sus revistas: Siempre que sea posible, puntualizan sendas editoriales de Nature y Nature Geosciences, se aconseja a los autores compartir el código como ejemplo de buena práctica científica. Es un pequeño paso hacia la ciencia abierta y reproducible, pero aún insuficiente. Según los siguientes autores, existen barreras para compartir datos y código, y no tanto de carácter técnico sino social: 
  • En el comentario Of carrots and sticks, los autores se quejan de la falta de crédito e incentivos para compartir y publicar los datos. El científico encuentra pocos beneficios que recompensen la dura tarea de documentar minuciosamente un conjunto de datos para ser publicado. La aparición de nuevas publicaciones científicas solo para datos junto con algunos repositorios de datos ya en marcha, hace que el incentivo para el científico, según los autores, sea el retorno en citaciones a los datos publicados. 
  • No solo de datos se nutre un artículo, sino de análisis y código. El siguiente comentario Open code for open science?, el autor incide en que la política de código abierto de las revistas científicas es un buen aliciente, pero que no va a solventar por sí sola el problema de la reproducibilidad. Código abierto no significa únicamente que otros lo puedan leer. Hay diversos factores del propio código, como su complejidad o requisitos específicos de hardware, así como el propio contexto para el que fue creado, porque si se trata de código destinado únicamente para apoyar un articulo, el autor no va a realizar un esfuerzo para limpiarlo y optimizarlo adecuadamente.   

Vistos estos dos comentarios, parece que uno de los problemas más serios sea la falta de incentivos claros para el investigador para que la publicación de datos y código se vea más como una oportunidad positiva de reconocimiento profesional y no como una tarea extra, ardua, y secundaria que no produce nada a cambio. ¿Y si cambiamos las reglas del juego? ¿Sería posible un sistema de incentivos diferente al actual que primara la reproducibilidad y transparencia de la ciencia? Está claro que el actual sistema basado en número de artículos publicados y "buenos contactos" no prima la reproducibilidad y transparencia. Si fuera factible una nueva escala de incentivos, ¿por qué no está ya en marcha?. Este argumento es justo lo que propone Jonh Ioannidis en su artículo How to make more published research true, contemporáneo en semana, mes y año a los comentarios de anteriores.  Invito a su lectura, es open access, al contrario que los otros dos comentarios de Nature Geosciences.






  

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