Nature estrena nueva política de compartir código en sus articulos

Esta semana al menos dos notables revistas del grupo Nature Publishing, la propia Nature y Nature Geosciences, han puesto sobre la mesa un aspecto recurrente últimamente en cuanto a la reproducibilidad y transparencia en ciencia. Compartir y hacer públicos los datos y análisis/código que sustentan una publicación científica, y que van íntimamente aparejada a una investigación o proyecto científico, deberían ser una práctica habitual, para la buena salud de la ciencia, en el proceso científico. El grupo Nature va a instaurar una nueva política de compartir código para todas sus revistas: Siempre que sea posible, puntualizan sendas editoriales de Nature y Nature Geosciences, se aconseja a los autores compartir el código como ejemplo de buena práctica científica. Es un pequeño paso hacia la ciencia abierta y reproducible, pero aún insuficiente. Según los siguientes autores, existen barreras para compartir datos y código, y no tanto de carácter técnico sino social: 

• En el comentario Of carrots and sticks, los autores se quejan de la falta de crédito e incentivos para compartir y publicar los datos. El científico encuentra pocos beneficios que recompensen la dura tarea de documentar minuciosamente un conjunto de datos para ser publicado. La aparición de nuevas publicaciones científicas solo para datos junto con algunos repositorios de datos ya en marcha, hace que el incentivo para el científico, según los autores, sea el retorno en citaciones a los datos publicados. 
• No solo de datos se nutre un artículo, sino de análisis y código. El siguiente comentario Open code for open science?, el autor incide en que la política de código abierto de las revistas científicas es un buen aliciente, pero que no va a solventar por sí sola el problema de la reproducibilidad. Código abierto no significa únicamente que otros lo puedan leer. Hay diversos factores del propio código, como su complejidad o requisitos específicos de hardware, así como el propio contexto para el que fue creado, porque si se trata de código destinado únicamente para apoyar un articulo, el autor no va a realizar un esfuerzo para limpiarlo y optimizarlo adecuadamente.   

Vistos estos dos comentarios, parece que uno de los problemas más serios sea la falta de incentivos claros para el investigador para que la publicación de datos y código se vea más como una oportunidad positiva de reconocimiento profesional y no como una tarea extra, ardua, y secundaria que no produce nada a cambio. ¿Y si cambiamos las reglas del juego? ¿Sería posible un sistema de incentivos diferente al actual que primara la reproducibilidad y transparencia de la ciencia? Está claro que el actual sistema basado en número de artículos publicados y "buenos contactos" no prima la reproducibilidad y transparencia. Si fuera factible una nueva escala de incentivos, ¿por qué no está ya en marcha?. Este argumento es justo lo que propone Jonh Ioannidis en su artículo How to make more published research true, contemporáneo en semana, mes y año a los comentarios de anteriores.  Invito a su lectura, es open access, al contrario que los otros dos comentarios de Nature Geosciences.






  

GeoHumanities

El pasado Julio se lanzo el grupo de interés sobre Geohumanities.org, englobado dentro de las actividades Digital Humanities. Si las nuevas tecnologías de la información están tiendo un impacto en las Humanidades, no menos importante son las tecnologías geográficas o geo-espaciales y el concepto de tiempo y "lugar". La formación de un grupo dedicado a ello lo demuestra. Hay un interés creciente, y mucho, en la comunidad de humanidades digitales y bibliotecas en acercarse a los beneficios que aportan este tipo de tecnologías. 

Geohumanities ya nace con una interesante web llena de contenidos. Para empezar con algo de contexto, muy recomendable es esta entrada de blog con un sumario detallado de la primero reunión del grupo de interés el verano pasado. Una de los primeras actividades será la creación de un repositorio curado de herramientas geográficas para geohumanities,  como una extensión especializada del repositorio DiRT. Sin duda, habrá que seguir de cerca las actividades de geohumanites, y profundizar en más detalle en los proyectos que mezclan humanidades digitales y SIG que aparecen en su web. Próximas entradas darán cuenta de ello.

Datos abiertos como si fueran páginas HTML

La semana pasada asistí a una sesión informal de charlas divulgativas ofrecidas por personal científico del JRC. Los temas eran variados,  como open data, big data, social media, e incluso sobre la filosofía de la tecnología. 

La breve charla introductoria sobre Open Data fue eso, introductoria. Pero me llamo la atención que el ponente daba énfasis en a los catálogos centralizados de datos abiertos como elementos necesarios para que el movimiento de datos abiertos prospere. Por ejemplo, existe un catálogo a nivel europeo, a niveles nacionales, e incluso el JRC está creando su propio catálogo centralizado de datos abiertos.

A mi me da que la historia se repite otra vez.  Tenemos tantos ejemplos que demuestran que una estrategia de arriba a abajo no acaba de despejar. Lo que realmente funciona es cuando los usuarios toman el mando, de forma descentralizada y siguiendo una estrategia de abajo a arriba. 

Pongamos el ejemplo de la Web.  A principios de los 90, había un puñado de servidores que servían páginas html producidas por los propias proveedores, como el CERN y algunas universidades. Entonces no había problemas con tener un catálogo centralizado a modo de directorio para tener un índice de toda la Web. Pero el verdadero tipping point que propició la explosión de la web fue el momento en que las páginas html no las creaban y mantenían de forma centraliza unas pocas instituciones, sino que cualquiera podía crear y hacer publica su página html. Después vino el problema de encontrar el mecanismo de búsqueda adecuado, ya que un directorio centralizado de índices no escala adecuadamente cuando la Web alcance niveles grandes, ya no digo enormes como en la actualidad. 

Ahora con el Open Data parece que se repite los mismo fallos. Hay unos cuantos catálogos centralizados encargados de recopilar conjuntos de datos abiertos. Exceptuado algunos casos que de momento funcionan bastante bien (data.gov, data.gov.uk),  los datos recopilados son pocos y de poco interés para los ciudadanos. Provienen de las propias instituciones, que por diversas razones legales, costumbre, o lo que sea, no se sienten cómodos con el trabajo "extra" de subir hojas excel a un catálogo. Estas instituciones se vanaglorian de que son trasparentes y abiertas porque suben una veintena de ficheros excel indescifrables al año a un catálogo. ¿Por qué no dejar que los propios ciudadanos decidan que datos publicar como "open data"? ¿Por qué no permitimos que la publicación de datos abiertos sea universal y tan fácil como es la publicación de páginas html? ¿Por qué no dejar que los propios usuarios mantengan sus datos abiertos tal como hacen con sus propias paginas html? ¿Por qué seguimos empecinados en crear catálogos centralizados que son costosos de mantener actualizados y que no sirven de nada cuando se pasa de cientos a miles de millones de conjuntos de datos abiertos? 

Si queremos que el movimiento de datos abiertos se identifique con la idea de directorios de ficheros excel proporcionados por las administraciones de forma casi obligatoria y sin ningún incentivo, sigamos como hasta ahora. 

Si queremos que el movimiento de datos abiertos se convierta en algo tan grande como la web, tenemos que dejar que el agente de cambio sean los propios ciudadanos, que sean ellos los que hagan públicos los conjuntos de datos que les interesan. Si son interesantes, seguro que el propio ciudadano se preocupará de mantenerlos actualizados para que sean útiles para otros. 

Economia colaborativa

No es extraño que aparezcan nuevo términos en los medios, sobre todo relacionados con la tecnología. Pero es más extraño que, en un mismo día y de forma totalmente casual, me haya encontrado dos veces con un nuevo término: Economía colaborativa.

El primer tropiezo inesperado ha venido con la lectura de un artículo de opinión en El País, con el sugerente título de La tecnología que nos aísla. Tan solo dos horas después, y viendo en directo las presentaciones del Tedx Mallorca, Jaume Mayor me ha sorprendido con una interesante charla sobre economía colaborativa. 

¿Que tiene de especial la economía colaborativa? ¿Va a ser el próximo modelo productivo que destronará al capitalismo? ¿Qué lo hace interesante para las grandes firmas tecnologías? Me gustaría responder a estas preguntas mas profundamente pero por ahora solo tengo una visión superficial de la economía colaborativa. Esto seguramente requiere de una reflexión más pausada sobre el tema. Pero aquí algunas comentarios personales, pueden que sean erróneos, descabellados, o acertados, pero que sirvan de reflexión inicial. 

La economía colaborativa nace para "buscar alternativas". Alternativas, entre otras cosas, al sistema capitalista actual. Del consumidor que compra productos para poseerlos se pasa al consumidor que utiliza productos para luego compartirlos cuando ya no los necesita. Ya no vamos a acumular posesiones que no utilizamos, sino que las ponemos a la venta o en alquiler para que otros hagan uso de ellos. Suena todo a consume responsable, reutilizar con sentido,  comprar con sentido, y al típico mercado de segundo mano. En tiempos de crisis y dificultades económicos, todo lo que suena a conseguir un producto gastando menos convence. 

El concepto en sí no es nuevo. De siempre los vecinos, hermanos, y amigos se han dejado o prestado cosas entre ellos.  Yo, sin saberlo, ya tengo algo de experiencia en la economía colaborativa. El carro de mi hijo lo compramos a unos holandeses, y ahora que ya no lo necesita, lo hemos vuelto a vender. Se prima el uso, no la posesión. De esta forma tres familias (al menos) habrán disfrutado del mismo carro haciendo un consumo responsable y con el consiguiente ahorro de dinero.

La economía colaborativa que surge ahora es más tecnológica que nunca, porque se produce en Internet y en los smartphones.  Sin ellos, la escala sería de N=barrio o N=ciudad, y hablaríamos de los mercadillo de segunda manos en los que todos hemos comprado o vendido un carro de bebé alguna vez. Lo realmente novedoso ahora es que el círculo de influencia donde existía la colaboración ya no se reduce a unos cientos de conocidos directos sino que literalmente se expande a toda la población mundial. La escala es N=all.

Y aquí es donde las grandes firmas tecnologías ven negocio, y del grande, como con las ciudades inteligentes, con la economía colaborativa. Uno puede llevar a cabo economía colaborativa con cualquier persona de otro continente gracias a los avances de las TIC. Y sobre todo a los sensores y al Internet de las Cosas, junto con los smartphones. Se estima que a día de hoy hay dos sensores por habitante del planeta. Pero en un horizonte de cinco años hay estimaciones que el ratio será de 10 a 1.

Pero la ubiquidad de la tecnología es crucial. Alguien lanza un "necesito A" mediante su smartphone, todos los "A" que encajan con la descripción responden a la llamada, ya que los "A" llevan sensores y son parte del Internet de las Cosas. Y  al cabo de unos instantes se recibe el código de acceso/uso de ese "A" . 

Y la infraestructura e intermediarios que hacen posible que las personas y las cosas inteligentes se comuniquen en tiempo real, a una escala de N=all, y en cualquier lugar (ubiquidad) está en manos de unas pocas firmas tecnológicas. Lo que parece a priori un modo de consumo responsable y racional, puede además dar más poder a los (pocos) poderosos. Nada de que el capitalismo está muerto, sino que parece que surge de sus cenizas revitalizado.

Universidad abierta

A mediados de Septiembre el portal de datos abiertos español se hacia eco de una noticia al menos curiosa: Universidad abierta: apertura de la información académica en España. Casi como un comunicado de prensa, la noticia resaltaba que 

"las universidades españolas se han sumergido en la cultura open data ofreciendo acceso abierto a sus datos y resultados científicos; abriendo procesos participativos e, incluso, desarrollando sus propios portales de datos abiertos". 

y ademas citaba a algunas universidades pioneras en esto de Open Data, como la Universidad de Alicante, Pompeu Fabra, Jaume I de Castellón, la de León o la de Granada. 

Lo positivo es que parece que este acto de transparencia empieza a contagiarse a las universidades. Como instituciones públicas, deberían hacer públicos los datos que manejan. Desde asuntos económicos, de investigación, docencia y de personal. Con lo enrevesado con son algunas universidades en temas de burocracia, ojala esta iniciativa fuera un paso para simplificar papeleos y ofrecer transparencia. 

Evidentemente , las universidades abiertas están bastante rezagadas en comparación con otras administración regional y autonómicas españolas,  ya no hablemos del extranjero. Al menos, algunas de las universidades de arriba tiene en común que utilizan la misma plataforma CKAN para servir los datos. Esto es útil para el usuario en busca de datos, porque uno se encuentra con el mismo interfaz para distintas universidades.

Pero me ha llamado la atención un cuantos cosillas tras una inspección rápida de los repositorios: 

• Algún enlace da el error "no tiene permisos para acceder a este servidor". Buen comienzo para un portal de datos abiertos. 
• La lista de conjuntos de datos es a'un escaso .
• Los datos viene mayoritariamente en csv, sin ninguna información adicional para interpretar las columnas. EL titulo de cada columna es el único metadato.
• De casualidad, al inspeccionar un conjunto de datos en csv, éste incluía dos enlaces a la propia universidad para obtener mas información. Evidentemente, ese fichero cuanta como un conjunto más en el repositorio de datos abiertos. Me pregunto si esto es la noción de datos abierto enlazables que tienen algunas universidades. 

Todavía hay mucho que mejorar, no tanto desde el plano técnico y de infraestructura , sino de contenido y documentación de los conjuntos de datos. Tal como están ahora, el trabajo de comparar universidades basado en los datos abiertos que exponen es prácticamente imposible. ¿Cabria la posibilidad de ofrecer de establecer un conjunto de datos mínimo de 20 (o 30 o 50 ) que toda universidad debería poner en abierto. 

#destacables #gis #libraries (17/09/2014)

John A. Olson (2014). All Things Digital. Ten Years in the Geospatial Time Continuum. Journal of Maps and Geography Libraries, 10:1, 123-126

Este breve comentario de Olson compara el entorno software y de herramientas SIG disponible hace 10 años con el actual. Amena lectura. Como aviso a navegantes, el párrafo de cierre del comentario resume perfectamente la visión del autor como bibliotecario defensor de lo geográfico, sí o sí. 

As caretakers of this digital medium, we need to become geospatial champions. The special geospatial skill sets that we have, as librarians, are essential to help guide patrons through the maze of geospatial landscapes, which can be a daunting task. But one at which we can be successful nonetheless.

En contra las bibliotecas inteligentes

El periodo vacacional de agosto siempre es propicio para la lectura de algún libro de esos que gusta leer con calma. 

Imagínate una biblioteca inteligente. Una biblioteca que tiene digitalizados todos sus libros, colecciones y demás recursos, y que estos se sirven por Internet directamente al teléfono móvil del usuario. La biblioteca posee una gigantesca base de datos donde se cuantifica cada pequeño detalle de cada uno de los libros. Además, cuenta con potentes algoritmos informáticos capaces de mezclar la enorme base de datos con otros conjuntos de datos con información personal de los usuarios. A partir de los gustos personales, preferencias y estilos de vida captado de los perfiles de los usuarios en las redes sociales, otros algoritmos escupen recomendaciones de lectura personalizadas y hasta se atreven con predicciones de lecturas, hasta llegar al grado de recomendarnos libros de contenido más ligero si se anticipa un mes con mucho trabajo, o libros de viajes si nos encontramos planificando las próximas vacaciones de Semana Santa. Y todo ello sin interaccionar con la biblioteca, porque la biblioteca es inteligente. No hay que pedirle nada. Ya sabe todo el pasado y presente de cada usuario y parte del futuro inmediato. Calcula sus decisiones y predicciones masticando y analizando datos que generamos diariamente.

"Against the Smart City" de Adam Greenfield, es en realidad el libro que he le'ido este verano. No habla de bibliotecas inteligentes, sino de ciudades inteligentes (en el momento que se añade un adjetivo como inteligente, denota que existen también ciudades "tontas". Y edificios tontos. Y neveras tontas... Un sin-sentido) . Se trata de un breve ensayo que critica con dureza la locura actual en cuantificar cada detalle de las ciudades vía las tecnologías de la información, redes, sensores, etc. con el beneplácito de los políticos y en pro de la eficiencia máxima de recursos y la perfección absoluta en la toma de decisiones. La ciudad inteligente, tal como la concibe la industria tecnología interesada únicamente en implantar sus fabulosos sistemas informáticos en las ciudades como si se trataran de fábricas de automóviles,  se olvida de sus ciudadanos y de la propia ciudad como ente vivo, complejo, dinámico y cambiante. La ciudad y sus ciudadanos forma un todo imperfecto, con raíces socio-económicas y culturales diversas, ligadas al territorio donde se encuentran, ligadas a las costumbres de sus ciudadanos, ligadas al clima y al entorno que las rodea, ligadas en definitiva a una época. Hay cosas que simplemente no tiene sentido que sean perfectas. Son el motor y sello de identidad de las ciudades y sus ciudadanos que son imperfectas. Si fueran perfectas, no funcionarían sin más. 

Al igual que la inmensa mayoría de los mortales de una ciudad cualquier, el autor no está en contra de los avances tecnológicos en las ciudades, sino de la codicia de un puñado de empresas en buscar un nicho de negocio rentable y rápido en las ciudades en aras de la modernidad sin detenerse un instante en preguntarse si todo eso lo necesita una ciudad. El objetivo es simplemente económico, en busca del contrato multimillonario del mantenimiento del sistema a costa de los contribuyentes pero sin contar con ellos.

Un sí rotundo a los avances tecnológicos en las bibliotecas, con lógica y sentido, siempre que refuercen (y no destruyan) la propia identidad de una biblioteca. Un rotundo no a las biblioteca inteligentes como las del ejemplo ficticio al principio de esta entrada que destruyen la esencia milenaria de las bibliotecas por el mero hecho de la modernidad.